Migrene med aura betyr at man i tillegg til hodepinen opplever syns- eller føleforstyrrelser. Auraen oppstår ofte før selve hodepinen, men kan også forekomme under anfallet. Omtrent en tredjedel av alle med migrene har migrene med aura, noe som gjør den mindre vanlig enn migrene uten aura.

Aura skyldes en endret aktivitet i det ytterste laget av hjernen, kjent som hjernebarken. Denne endringen er sannsynligvis en bølge av redusert elektrisk aktivitet som starter bak i hjernen og sprer seg fremover over hjernebarken, ledsaget av en endring i blodtilførselen.

Symptomene på aura kan inkludere:

Synsforstyrrelser, typisk på den ene siden av synsfeltet, som flimrende, lysende eller mørke områder, eventuelt med et sikksakk-lignende mønster. Disse utvikler seg gradvis og varer vanligvis 20–30 minutter. Dette er den mest vanlige formen for aura.I tillegg kan symptomene inkludere føleforstyrrelser, som prikking i fingre eller ansikt, som langsomt kan spre seg over noen minutter, for eksempel fra fingrene opp gjennom armen. Dette er den nest mest vanlige formen for aura.I sjeldnere tilfeller kan aura også medføre forbigående lammelser (f.eks. i munnvikene), svimmelhet og taleforstyrrelser. Auraen varer vanligvis mindre enn 60 minutter, og aurafasen følges som regel umiddelbart av hodepinen.