Migrene med aura betyr at man i tillegg til hodepinen opplever visuelle eller sensoriske forstyrrelser. Auren oppstår ofte før selve hodepinen, men kan også dukke opp under anfallet. Omtrent en tredjedel av alle som har migrene har migrene med aura, noe som gjør det mindre vanlig enn migrene uten aura.

Auraen skyldes endret aktivitet i det ytre laget av hjernen, kjent som hjernebarken. Denne endringen er sannsynligvis en bølge av redusert elektrisk aktivitet som starter bakerst i hjernen og sprer seg fremover over barken, ledsaget av endringer i blodgjennomstrømningen.

Symptomer på aura kan inkludere:

Visuelle forstyrrelser, typisk på den ene siden av synsfeltet, som fremstår som et flimrende, lyst eller mørkt område, noen ganger med et sikksakk-mønster. Disse utvikler seg gradvis og varer vanligvis 20–30 minutter. Dette er den vanligste formen for aura.

I tillegg kan symptomer inkludere sensoriske forstyrrelser som prikkende følelse i fingrene eller ansiktet, som kan spre seg sakte over flere minutter, for eksempel fra fingrene oppover armen. Dette er den nest vanligste formen for aura.

I sjeldnere tilfeller kan aura også forårsake midlertidig lammelse (for eksempel i munnviken), svimmelhet og talevansker. Aurafasen varer vanligvis mindre enn 60 minutter og blir vanligvis umiddelbart etterfulgt av hodepinen.