Migrän med aura innebär att man, förutom huvudvärken, upplever syn- eller känselstörningar. Auran uppträder ofta innan själva huvudvärken, men kan även förekomma under anfallen. Cirka en tredjedel av alla med migrän har migrän med aura, vilket gör den mindre vanlig än migrän utan aura.

Auran beror på en förändrad aktivitet i hjärnans yttersta lager, kallat hjärnbarken. Denna förändring är sannolikt en våg av nedsatt elektrisk aktivitet som startar bak i hjärnan och sprider sig framåt över hjärnbarken, åtföljd av en förändring i blodcirkulationen.

Symtomen vid aura kan inkludera:

Synstörningar, typiskt på ena sidan av synfältet, som ett fladdrande, lysande eller mörkt fält, eventuellt med ett zigzag-liknande mönster. Dessa utvecklas gradvis och varar oftast 20–30 minuter. Detta är den vanligaste formen av aura.

Känselstörningar, som stickningar i fingrar eller ansikte, som långsamt kan sprida sig över några minuter, till exempel från fingrar upp genom armen. Detta är den näst vanligaste formen av aura.

I mer sällsynta fall kan aura även orsaka tillfälliga förlamningar (t.ex. i mungiporna), yrsel och talproblem. Auran varar vanligtvis mindre än 60 minuter och följs vanligen direkt av huvudvärken.