Ud over de øvrige migrænetyper findes der også menstruel migræne (også kaldet menstruationsmigræne) og menstruationsrelateret migræne.

Menstruel migræne er kendetegnet ved, at anfaldene udelukkende opstår omkring starten af menstruationsperioden. Denne form for migræne rammer cirka 7 % af kvinder i den fødedygtige alder og hver femte kvinde med migræne.

Ud over de almindelige migrænesymptomer kan kvinder med menstruationsmigræne opleve udtalt kvalme, opkastning og særligt svære anfald, der kan vare i flere dage. Nogle kvinder oplever også en stigning i antallet af anfald efter en fødsel.

Menstruationsrelateret migræne minder om menstruel migræne, men her kan anfaldene - ud over at forekomme omkring menstruationen - også opstå på andre tidspunkter i cyklussen.

Man mener, at menstruel migræne udløses af det fald i østrogen, der sker umiddelbart før menstruationen. Derfor kan kvinder, som f.eks. bruger p-piller uden pause eller har en hormonspiral og derfor ikke får menstruation, ofte få færre anfald.